Μελέτες για το κόστος χρήσης δείχνουν ότι το κόστος για την αγορά ενός προγράμματος είναι μόνο η κορυφή του παγόβουνου. Το open source έχει τη φήμη ότι είναι ελεύθερο, ή τουλάχιστον φτηνό. Όμως αν πάρουμε υπόψη μας το κόστος για τον προγραμματισμό, την προσαρμογή, την συντήρηση κλπ. οι επιχειρήσεις θα δουν ότι η αλλαγή από το εμπορικό στο open source s/w δεν προσφέρει παρά ελάχιστη ή καμιά οικονομία.
Υπάρχει η άποψη ότι, αν και οι open source λύσεις έχουν μεγάλο πλεονέκτημα από το δωρεάν ή έστω συμβολικό κόστος κτήσης, το κόστος χρήσης των open source προγραμμάτων δεν είναι ξεκάθαρα φτηνότερο από τα Windows, αν το δούμε σε βάθος χρόνου (πχ. μετά μιά 5ετία). Αυτό οφείλεται κατά την γνώμη κάποιων στην αποσπασματική σχεδίαση των εφαρμογών open source, σε σύγκριση με τις ολοκληρωμένες λύσεις που προσφέρουν οι εταιρείες λογισμικού. Τα συστατικά των open source προγραμμάτων σχεδιάζονται το καθένα στην δικιά του “τροχιά”, με διαφορετικές προσεγγίσεις ως προς την ανάπτυξή τους, ενώ θα έπρεπε τα συστατικά αυτά να αναπτύσσονται με κεντρικό σχεδιασμό και να προσφέρεται μια ολοκληρωμένη (intergrated) εφαρμογή στο σημερινό σύνθετο, κατανεμημένο υπολογιστικό περιβάλλον. “Επειδή οι open source servers δεν είναι φτιαγμένοι έτσι ώστε να σχετίζονται μεταξύ τους, τα γενικευμένα έξοδα για το Linux μπορεί να είναι μεγαλύτερα.”
Μερικές εταιρείες όπως οι IBM, Sun Microsystems και Microsoft απαντούν σε αυτή την αποσπασματική αντιμετώπιση με προϊόντα που είναι σχεδιασμένα λαμβάνοντας υπόψη τα συστήματα και το λογισμικό. Βέβαια το κόστος δεν είναι ο μόνος παράγοντας για να αποφασίσει μιά επιχείρηση την αλλαγή σε open source. Πλεονεκτήματα για το open source από μια εταιρεία μπορεί να θεωρηθούν: η απουσία ιδιοκτήτη (copyright), η διαθεσιμότητα του source code, η μη εμφάνιση στο ενεργητικό (δεν υπάρχει κόστος κτήσης).
Αν δούμε σε μια προοπτική πενταετίας, το μεγάλο κόστος για μια τυπική εταιρεία φαίνεται πως είναι το σχετικό με το προσωπικό (από 50% έως 70%). Το κόστος για hardware και software μαζί δεν ξεπερνά το 30%. Για να σχεδιάσουν και να υλοποιήσουν επιτυχημένα μια open source πλατφόρμα οι εταιρείες πρέπει να έχουν “ειδικούς εντός της εταιρείας, προσαρμοστικότητα, και συμβατή υπολογιστική αρχιτεκτονική (μηχανοργάνωση)” λέει ο Νίκος Δράκος (γειά σου, μεγάλε), διευθυντής έρευνας της Gartner.
Υπάρχουν ενδείξεις ότι η αποσπασματική φύση της ανάπτυξης των σημερινών open source εφαρμογών θα αλλάξει τελικά. Επαγγελματικές υπηρεσίες και οργανισμοί, καθώς και εταιρείες όπως Red Hat και Novell, συνειδητοποιούν ότι για να καταφέρουν να διεισδύσουν στην αγορά, το software που παράγουν πρέπει να φτιάχνεται σαν μια ολοκληρωμένη, ώριμη λύση, ικανή να πιάσει, να παρακολουθήσει και να φέρει σε πέρας εταιρικές εφαρμογές που εξυπηρετούν συγκεκριμένο σκοπό.
